Babykosthersteller verwenden häufig Rohstoffe aus ökologischem Anbau. Die Kennzeichnung »Bio« soll dem Verbraucher zeigen, dass die Rohstoffe ohne chemisch-synthetische Mineraldünger und ohne
Pestizide erzeugt wurden. Die Verwendung der Begriffe »Öko« oder »Bio« ist gesetzlich geregelt. Durch detaillierte Kontrollen bei Erzeugern, Verarbeitern und Importeuren soll erreicht werden, dass nur da »Bio« draufsteht, wo auch »Bio« drin ist. Die EU-Vorschriften sind weniger streng als die der deutschen Bioverbände wie etwa Bioland und Demeter. So dürfen nach EU-Recht Hersteller von Bioprodukten auf ihren Höfen auch Nicht-Biowaren erzeugen, was nach den deutschen Vorgaben der Bioverbände nicht zulässig ist, um Vermischungen zu verhindern. Die Bioverbände haben auch eigene Kontrollsysteme, die zusätzlich zu den staatlichen Kontrollen auf die Einhaltung der Vorschriften achten. Problematisch ist oft die Kontrolle der Importwaren. Nach geltendem Recht darf bei Produkten mit mindestens 95 Prozent Ökozutaten der eigentliche Name des Produkts eine Ökokennzeichnung tragen (zum Beispiel Biomüsli,
Müsli). Außerdem muss dann auf diesen Produkten stehen, dass sie aus ökologischer Landwirtschaft stammen. Umstritten ist unter Wissenschaftlern, ob Bioprodukte qualitativ besser sind. Dass sie besser schmecken, ist für Feinschmecker sicher. Das haben auch neuere Untersuchungen ergeben, bei denen Testesser die Biowaren geschmacklich bevorzugten. Futterwahlversuche bei Tieren ergeben, dass Ratten, Hühner, Kaninchen zumeist die Bioprodukte den konventionell erzeugten vorziehen. Vergleichsuntersuchungen zeigten, dass Bio-gefütterte Tiere auch gesünder waren. Viele Studien zeigten auch messbare Vorteile bei Bio. Bio-Milch beispielsweise enthält mehr gesunde Fettsäuren, jedenfalls wenn die Kühe artgerecht gehalten werden und auf der Wiese grasen dürfen.
Deshalb enthält solche Bio-Milch auch weniger von den neu entdeckten Altersbeschleunigern, den sogenannten Advanced Glycation End Products, die dafür sorgen können, dass manche Krankheiten früher auftreten können (AGEs).
Bio-Früchte enthalten mehr von sogenannten sekundären Pflanzenstoffen, dazu gehören Antioxidantien wie etwa die sogenannten Polyphenole. Die Bio-Früchte enthalten natürlich auch weniger Gifte, Pestizide, die als Hormonstörer (Endocrine Disruptors) wirken und viele Körperfunktionen stören. Kinder, die Bio essen, sind deshalb weniger mit hochgiftigen Organophosphaten belastet, und damit sind sie womöglich weniger gefährdet in Sachen ADHS. Womöglich ist Bio auch besser für die Figur; jedenfalls deuteten einige Untersuchungen darauf hin, dass Öko-Esser seltener übergewichtig seien. Und schließlich enthält Bio-Nahrung mehr von einem Stoff, der offenbar als allgemeine Abwehrwaffe wirkt. Salicylsäure, der Wirkstoff aus dem Aspirin, der gesund hält, weil er Krankheiten abzuwehren hilft. Diesen Stoff betrachten manche Forscher als eine Art Universalheilmittel der Natur, das leider aufgrund moderner industrieller Landwirtschaftsmethoden aus der Nahrung weitgehend verschwunden – in Bio-Nahrung aber vorhanden ist. Die meisten Vorzüge schwinden allerdings durch industrielle Verarbeitung; bei kommerziell hergestellten Babygläschen beispielsweise, auch bei Pulver-Kartoffelpüree, schwinden etwa die Nährstoffe durch die fabrikmäßige Behandlung, zudem entstehen neue Problemsubstanzen, ebenso bei H-Milch oder der sogenannten ESL-Milch, die ebenfalls länger haltbar ist.
