Viele Verbraucher befürchten, dass es sich bei den mit E-Nummern bezeichneten Substanzen in Lebensmitteln um schädliche Stoffe handelt. Der Verdacht ist berechtigt, wenngleich nicht in jedem Fall (detaillierte Informationen bietet die Dr. Watson-Datenbank). Die E-Nummern auf Lebensmittelverpackungen stehen für bestimmte
Zusatzstoffe und sind europaweit gültig. Die E-Nummern dokumentieren, dass diese Substanz auf ihre toxikologische Unbedenklichkeit überprüft wurde. So werden Zusatzstoffe vor ihrer Zulassung in aufwändigen Testreihen zum Beispiel auf eine erb- oder fruchtschädigende sowie krebserregende Wirkung hin untersucht. Ergeben sich im Tierversuch mögliche Hinweise auf eine der genannten Wirkungen, darf der Zusatzstoff in Lebensmitteln nicht verwendet werden. Zusatzstoffe können dennoch bei hohem Konsum unerwünschte Nebenwirkungen haben, etwa für Zähne, Knochen, Darm. Für Allergiker (siehe auch
Allergie) sind sie ein Risiko. Auch Hyperaktivität oder Migräne kann mit zusatzstoffhaltiger Kost in Verbindung stehen. Wie viele Zusatzstoffe die Menschen und vor allem die Kinder verzehren, ist nicht bekannt; trotz entsprechender Vorgaben der Europäischen Union sträuben sich die Mitgliedsstaaten wie etwa die Bundesrepublik Deutschland, solche Verzehrsdaten zu erheben. Vorläufige Untersuchungen haben allerdings ergeben, dass vor allem Kinder bei vielen E-Stoffen weit über dem gesundheitlich unbedenklichen Limit liegen, bis zum Zwölffachen etwa bei einem in industriellem Kartoffelpüree häufig enthaltenen Stoff namens Natriummetabisulfit (E223), der den Darm angreifen und die Anfälligkeit für Allergien erhöhen kann.
