Die Rohstoffe für Babykost stammen häufig aus Bioproduktion, bei Fleisch also aus kontrolliert biologischer Tierhaltung (kbT). Fleisch, Milch und Eier von Bio-Tieren gelten als gesünder, weil sie beispielsweise mehr von den sogenannten Omega-3-Fetten enthalten. Die kontrolliert biologische Tierhaltung hat das Ziel, die Tiere artgerecht in einen weitgehend geschlossenen Betriebskreislauf zu integrieren, indem sie beispielsweise ihr Futter möglichst auf betriebseigenen Weiden finden sollen oder zumindest Futter aus
kontrolliert biologischem Anbau erhalten. Generell gilt, dass die verwendeten Futtermittel (eigene und auch zugekaufte) sowie Ausgangserzeugnisse für Futtermittel, Futtermittelkomponenten, -zusatzstoffe und behandlungsstoffe nicht unter Verwendung von Gentechnik hergestellt worden sein dürfen. Daneben existieren Positivlisten für Ausgangsprodukte des Futters und für das Futter selbst sowie für Zusatzstoffe, Reinigungs- und Desinfektionsmittel. In ihnen ist geregelt, welche Substanzen eingesetzt werden dürfen. Der höchste zulässige Tierbestand für Betriebe mit kontrolliert biologischer Tierhaltung richtet sich nach der Größe der Betriebsflächen des Hofes. Anfallender Dünger muss auf die eigenen Betriebsflächen zurückgebracht oder an »Partnerbetriebe« abgegeben werden. Künstliche Besamung und andere Arten der künstlichen Fortpflanzung (wie z.B. der Embryotransfer) sind verboten. Eingriffe, wie das Stutzen von Schnäbeln bei Geflügel, dürfen nicht systematisch angewendet werden. Aus Sicherheits-, Tierschutz- und Hygienegründen können von der Kontrollstelle allerdings bestimmte Maßnahmen genehmigt werden. Hierzu gehört z.B. das Enthornen junger Tiere (z.B. Kälber). Tiere aus kbT dürfen im Stall nicht »in Anbindung« gehalten werden; Ausnahmen sind jedoch aus Sicherheits- oder Tierschutzgründen in Einzelfällen möglich. Tiertransporte müssen möglichst schonend und in Übereinstimmung mit den einschlägigen rechtlichen Bestimmungen erfolgen. Bei den verschiedenen Bio-Labeln gibt es große Unterschiede, als besonders streng und qualitätsfördernd gilt etwa das Demeter-Label, während etwa Produkte mit dem europäischen Bio-Label weniger strengen Standards unterliegen und oft aus Bio-Massentierhaltung stammen. Bei Bio-Skandalen stehen in der Regel solche Betriebe im Mittelpunkt.
