Wenn Mütter nicht stillen können oder wollen, bekommt das Baby sein Fläschchen mit Muttermilchersatz. Dabei handelt es sich meist um eine industriell hergestellte Nahrung für den Säugling. Sie ist der Muttermilch qualitativ deutlich unterlegen und erhöht unter anderem das Risiko für
Übergewicht. Auch ist die geistige Entwicklung im Vergleich zu gestillten Kindern schlechter. Zudem wird die Entwicklung des Immunsystems gestört, was nicht nur zu
Allergien und Asthma, sondern auch zu erhöhter Anfälligkeit für Krankheiten führen kann. So steht die Fläschchenmilch im Verdacht, die Zuckerkrankheit Diabetes zu fördern, auch Bluthochdruck, Herzleiden, zudem chronisch entzündliche Darmerkrankungen wie Morbus Crohn und Colitis Ulcerosa. Als Ursache gilt unter anderem der Umstand, dass die industriell erzeugte Ersatznahrung aus Kuhmilch hergestellt wird und mithin Inhaltsstoffe und Signalsubstanzen enthält, die sich nicht an ein Kind, sondern ein Kalb richten. Zudem wird die Milch bei der Produktion erhitzt und pulverisiert, was unter anderem zur Bildung von neu entdeckten Problemstoffen führt, die zu beschleunigtem Altern führen können. Die Muttermilchersatzprodukte sollten nach Meinung vieler Mediziner nur in besonders begründeten medizinischen Ausnahmefällen eingesetzt werden, etwa wenn die Mutter krankheitshalber nicht stillen kann. Dann allerdings sind die industriell erzeugten Ersatzprodukte selbsthergestellten Milchnahrungen nach Ansicht von Ärzten überlegen. Von rein pflanzlichen, selbsthergestellten Milchgetränken wie Mandel-, Reis oder Getreidemilch raten Ernährungsfachleute ab. Sie liefern zu wenig Kalorien und Vitamine, und die Qualität des Eiweißes stimmt nicht. Reine Ziegenmilch enthält zu wenig Folsäure. Milchpulver auf Ziegenmilchbasis für Babys sind hingegen meist mit diesem Vitamin angereichert und gelten als empfehlenswert. Ob sie einen Schutz vor Allergien darstellen, wie die Hersteller behaupten, wurde bislang nicht ausreichend untersucht. Die als Ersatz für die Muttermilch erhältliche so genannte Säuglingsanfangsnahrung ist zu erkennen an der Bezeichnung »Pre«. Diese Produkte sind sehr dünnflüssig und enthalten nur Milchzucker als Kohlenhydrat. Säuglingsanfangsnahrung mit der Zusatzbezeichnung »1« sättigt stärker und enthält teilweise auch fürs Kind unnötigen Kristallzucker. Folgenahrung mit der Bezeichnung »2« darf Babys erst im fünften Lebensmonat gegeben werden. Diese Produkte enthalten meist mehr Eiweiß und Mineralstoffe als »Pre«- und »1«-Nahrung, weitere Kohlenhydrate und teilweise auch überflüssigen Kristallzucker. »Pre«-Nahrung reicht als alleinige Nahrung in den ersten sechs Lebensmonaten aus. Die sättigendere »1«-Nahrung und Folgenahrung können dem Baby zwar gegeben werden, sind aber nicht nötig. Für allergiegefährdete Kinder wurde eine allergenarme Milchnahrung (
hypoallergene Säuglingsnahrung) entwickelt. Diese enthält das Eiweiß der Milch in stark abgebauter Form, so dass es seine allergieauslösende Wirkung weitgehend, aber nicht vollständig verliert. Die Wirksamkeit zur Allergievorbeugung ist allerdings umstritten.